Construire son état de l'art avec JabRef et Obsidian 1/2

Je me suis récemment engagé dans une thèse de doctorat, ce qui m’a enfin forcé à mettre en place une méthode de travail rigoureuse pour garder un fil dans mes idées et ancrer durablement ce que j’apprends. Après environ quatre mois d’usage quotidien, j’ai fini par stabiliser une méthode et une suite d’outils qui me conviennent et qui correspondent à ma manière de concevoir le travail de recherche, et je souhaite la partager avec vous.

L’idée centrale est la suivante : la recherche ce n’est pas une attente passive de l’illumination, mais un travail itératif de construction et de mise en relation d’idées et de concepts. Et on va construire un système autour de cette idée.

Pour donner une idée concrète du résultat et vous donner envie de lire la suite, voici à quoi ressemble mon environnement de travail après ces quatre premiers mois de recherche.

Mes dossiers, une note de lecture, et le graphe de connaissances

Mon outil de prise de notes : Obsidian

Obsidian est un outil de prise de notes basé sur des fichiers Markdown. Chaque note est un simple fichier texte, lisible sans Obsidian, versionnable, stocké localement, indépendant de toute connexion Internet. Le format Markdown permet une prise de notes légère et facile à partager, sans soucis de mise en page ou de format de fichier propriétaire.

Mais le format Markdown n’est pas le principal intérêt d’Obsidian. Son point fort réside dans la possibilité de créer facilement des liens explicites entre les notes, et de visualiser ces liens sous forme d’un graphe généré par Obsidian. Les liaisons se font simplement par des liens hypertextes, ce qui permet de suivre un raisonnement ou une idée de note en note, comme sur un wiki en somme.

Un exemple de note dans Obsidian

Enfin, Obsidian permet également d’organiser les fichiers dans une hiérarchie classique de dossiers. On dispose ainsi de deux modes de navigation complémentaires :

• une navigation hiérarchique avec les dossiers, lorsqu’on cherche une note précise ;
• une navigation par liens et par graphe, lorsqu’on souhaite explorer une idée, un concept ou un ensemble de relations.

Pour ma part, voici la hiérarchie de dossiers que j’utilise :

• Archive : Contient des notes obsolètes, des idées abandonnées, des vieux brouillons. Je ne supprime jamais rien ; ce dossier sert de mémoire froide.
• Concepts : Contient les notes conceptuelles et techniques. Sera représenté dans le graphe.
• Images : Contient les images que j’insère dans les autres notes, c’est comme ça qu’Obsidian gère les images.
• Institutions : Contient des notes sur les acteurs de mon domaine de recherche, les chercheurs, les centres de recherche, les organisations, les entreprises, etc. Sera représenté sur le graphe.
• Publications : Contient les PDF de toutes les publications que je lis, c’est ce dossier qui sera géré par JabRef.
• Reading Notes : Contient mes notes de lecture associées aux publications. Un plugin Obsidian permettra de faire le lien direct entre une note de lecture et l’article correspondant. Sera représenté sur le graphe.
• Rédaction : Contient les parties rédigées de la thèse ainsi que des embryons d’articles destinés à être publiés.
• Scripts : Contient des scripts d’automatisation, en particulier ce dossier sera utilisé par Git pour la sauvegarde et le partage des notes.
• Vrac : Contient tout ce qui n’est pas assez clair ou abouti pour être dans un des autres dossiers, c’est le bac à sable.

Ma hiérarchie de dossiers

Le cœur de la structure est le dossier “Concepts”, c’est ici que se développent les idées selon la méthode Zettelkasten. Les autres dossiers ne servent que d’espace de travail pour soutenir cet objectif.

Prendre des notes efficacement en s’inspirant de Zettelkasten

Je n’applique pas la méthode Zettelkasten à la lettre, je m’inspire seulement de quelques grands principes qui s’alignent bien avec ma façon de concevoir la recherche.

La méthode Zettelkasten est une approche de prise de notes et de construction de connaissances qui repose sur l’idée que la recherche et la production intellectuelle consistent à faire émerger progressivement des structures de sens à partir d’idées élémentaires. On retrouve ici mon idée de départ que le travail de recherche est avant tout un travail de construction.

Concrètement, la Zettelkasten s’appuie sur des notes courtes et atomiques, chacune centrée sur une idée unique, et reliées entre elles par des liens sémantiques. Le réseau ainsi formé permet de naviguer d’idée en idée, de faire apparaître des relations inattendues, et d’identifier des zones encore peu explorées. On retrouve ici des principes proches de ceux mis en avant par Obsidian.

L’un des points clés de cette méthode est la séparation entre les sources (articles, livres, documents) et les notes conceptuelles. Celles-ci constituent un espace de pensée autonome et sont systématiquement rédigées manuellement. Ce détachement de la source force à réinterpréter les concepts à sa manière et à formuler explicitement les liens sémantiques entre les concepts. Dans mes notes, je ne mentionne la source que quand c’est réellement important pour comprendre le concept. On retrouve ici une idée que j’aime bien : qu’un concept n’est réellement assimilé que lorsqu’on est capable de se l’expliquer intégralement à soi-même.

2 exemples de notes conceptuelles atomiques

Gérer ses sources avec JabRef

JabRef est un gestionnaire de références bibliographiques orienté recherche académique. Il permet de centraliser l’ensemble des publications lues et de leur associer des métadonnées (auteurs, titre, année, DOI, etc.). Toutes les données sont sauvegardées au format BibTeX, qui n’est en fait qu’un fichier texte, ce qui les rend facilement versionnables avec Git.

JabRef prend en charge différents types de sources et permet notamment de récupérer automatiquement les métadonnées d’articles scientifiques à partir de leur DOI. Il est également possible de tagger les documents, de leur attribuer une priorité, de les marquer comme lus ou non lus, etc. En bref, c’est une simple boîte à outils pour gérer une bibliothèque numérique.

En pratique, lorsque je lis un nouvel article intéressant :

• j’ajoute une nouvelle entrée dans JabRef ; pour un article scientifique, je renseigne simplement le DOI et JabRef récupère automatiquement les metadonnées, sinon je complète les métadonnées de base à la main (titre, auteurs, année) ;
• j’enregistre le fichier PDF correspondant dans mon dossier Publications ;
• je relie le PDF à l’entrée nouvellement créée dans JabRef.

Le dossier Publications est volontairement un grand fourre-tout de fichiers PDF souvent mal nommés. Je ne l’ouvre jamais manuellement. Toutes mes interactions avec les sources passent par JabRef, qui me permet de retrouver facilement une référence et d’ouvrir directement le PDF associé.

Ma librairie sur JabRef

Manipuler les sources dans Obsidian

Une grande force d’Obsidian est sa facilité de personnalisation grâce à une large collection de plugins développés par la communauté. Dans mon cas, j’utilise le plugin Obsidian Citations, développé par Jon Gauthier. Ce plugin permet à Obsidian de lire directement le fichier BibTeX généré par JabRef, et donc d’interagir avec la bibliothèque de références.

Le plugin nous permet 2 nouvelles actions dans Obsidian:

• Créer ou ouvrir une note de lecture sur une source (Ctrl + Shift + O). Si la note existe déjà, la commande ouvre simplement la note correspondante.
• Insérer un lien vers la note de lecture d’une source (Ctrl + Shift + E).

Le plugin permet également de créer un template pour les notes de lecture. Dans mon cas j’ai défini le template suivant, qui est donc automatiquement appliqué à la création d’une nouvelle note de lecture.

Exemple d’une note de lecture

Dans ces notes de lecture, je relie systématiquement l’article aux concepts qu’il mobilise ou qu’il éclaire. En revanche, je ne développe pas les concepts dans la note de lecture mais dans le dossier Concepts. La note de lecture sert à analyser une source ; elle n’est pas un espace de conceptualisation.

Enfin, une fois la lecture terminée, je reporte la section pertinence pour ma thèse dans JabRef, par un score de pertinence de 1 à 3 (ça change la couleur du petit drapeau dans JabRef). Cela me permet d’avoir, côté bibliographie, une vue rapide de l’intérêt d’une source.

Visualiser les concepts avec un graphe

Une des récompenses après tous ces efforts de prise de note, c’est de pouvoir visualiser tous ses concepts sous la forme d’un graphe généré par Obsidian.

Mon graphe actuel

Sur mon graphe, on retrouve :

• les concepts en jaune ;
• les publications en rouge ;
• les institutions en bleu ;
• les projets en vert (des outils, des programmes, des implémentations … qui sont en fait des concepts particuliers).

Évidemment, le résultat est fouillis, et les zones denses sont difficilement lisibles. Mais l’intérêt principal n’est pas la lisibilité locale : c’est la vue macro sur l’état de mes connaissances.

Sur ce graphe, je vois clairement émerger les gros nœuds jaunes correspondant à mes concepts centraux : Zero Trust, authentification, autorisation, data centric security. Je distingue également un nœud rouge principal, qui correspond à ma publication de référence autour de laquelle s’articulent mes recherches. En périphérie apparaissent des clusters plus petits, liés à des domaines connexes mais secondaires dans le cadre de ma thèse : systèmes industriels, supervision, pentesting. En dehors de la masse, je vois les éléments qui sont peu connectés au reste du graphe, et qui ont peut être finalement peu d’intérêt pour ma thèse.

Il est important de garder à l’esprit que ce graphe n’a rien de magique. Il ne découvre rien par lui-même : il ne fait que refléter les liens que j’ai explicitement posés. Il est fortement biaisé par ce que je choisis de lire, de noter, de relier. Lorsque je rédige mes concepts, je réfléchis souvent à comment telle ou telle liaison va apparaître sur mon graphe, ce qui m’incite parfois à volontairement ne pas créer de lien. Mais ce n’est pas un mal en soi, le graphe n’est pas un outil formel, c’est juste un outil d’exploration.

En fait, je pense que plus que pour son apport pratique, le graphe est avant tout une récompense satisfaisante qui me motive à continuer d’avancer dans l’exploration de mon sujet.

Le système en action

Maintenant que j’ai tous mes éléments, je me retrouve avec la boucle de travail suivante :

• Je trouve un nouvel article intéressant.
• Je crée une entrée sur Jabref.
• Dans Obsidian, Ctrl + Shift + O pour créer une nouvelle note de lecture sur l’article. J’obtiens automatiquement un template à compléter.
• Dans la note de lecture, je liste les concepts utilisés dans le papier, et je complète le template.
• Au fil de la lecture, j’enrichis mes notes Concepts chaque fois que j’apprends quelque chose de nouveau.
• Lorsque j’ai un embryon d’idée nouvelle, je la note dans mon dossier Vrac.
• A la fin de la lecture, j’évalue la pertinence de l’article pour ma thèse, et je reporte cette évaluation dans JabRef.

Régulièrement, je reviens sur mes notes conceptuelles, mon graphe et mon dossier Vrac afin d’identifier les idées à consolider, les zones sous-explorées et les pistes qui méritent d’être approfondies. Cette ré-exploration alimente ensuite de nouvelles recherches bibliographiques, et la boucle recommence.

Le dossier Vrac est particulièrement important dans ma boucle de travail, c’est souvent ce dossier qui fait l’intermédiaire entre mes concepts et mon dossier Rédaction. J’y note toutes mes idées, mes réflexions personnelles sur tout ce que je lis. Puis progressivement je les enrichis jusqu’à ce que ça devienne des notes de concepts ou des éléments de rédaction.

Un échantillon de mon dossier Vrac actuel

Conclusion

Voilà la méthode que j’utilise aujourd’hui. Elle me convient, elle me permet d’avancer, et surtout elle correspond à ma manière de concevoir le travail de recherche. Elle continuera très probablement à évoluer au fil de la thèse. En revanche, je pense que son cœur : la séparation des sources et des concepts, les notes atomiques, les liens explicites, restera relativement stable.

Ce système ne vise pas à optimiser la production, ni à garantir la qualité des idées. Il sert avant tout à alléger la charge cognitive du travail de recherche : garder une trace des concepts, rendre visibles les liens, s’approprier les idées. Il amplifie autant les bonnes intuitions que les mauvaises, et ne remplace en aucun cas la rigueur intellectuelle du bon chercheur.

L’article commence à être long, j’aborderai donc le dernier point dans l’article suivant : comment versionner et partager ce type de base de connaissances avec Gitea.